Đa số ý kiến của thành viên hội đồng tư vấn thẩm định tán thành việc ban hành Nghị định. Ngoài ra, cũng có nhiều ý kiến về những nội dung cụ thể của dự thảo Nghị định như:
Thứ nhất, cần cân nhắc thêm về đối tượng áp dụng: theo đó, nếu quy định điều chỉnh đối tượng điều chỉnh như dự thảo thì sẽ loại trừ chính cơ sở giáo dục trung học phổ thông, giáo dục nghề nghiệp có học sinh độ tuổi từ đủ 16 tuổi trở lên (đến 18 tuổi) là chưa hợp lý và chưa bao quát tới các chủ thể là học sinh cần được bảo vệ trong cơ sở giáo dục.
Thứ hai, về trách nhiệm của công dân, gia đình và cơ sở giáo dục đối với việc xây dựng môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện, phòng, chống bạo lực học đường: nội dung dự thảo mới chỉ đưa ra được chủ thể có trách nhiệm trong việc xây dựng môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện, phòng, chống bạo lực học đường mà chưa đưa ra được trách nhiệm cụ thể, hơn nữa, nội dung trách nhiệm của các chủ thể nêu trên trong việc chăm sóc, bảo vệ trẻ em đã được quy định khá cụ thể tại Luật trẻ em.
Thứ ba, về nội dung môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện, phòng, chống bạo lực học đường: việc phân chia nội dung môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện, phòng, chống bạo lưc học đường thành 2 nội dung riêng biệt gồm môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện và phòng, chống bạo lực học đường là chưa thật hợp lý vì 2 nội dung này luôn gắn kết với nhau, phòng chống bạo lực học đường chính để tạo môi trường giáo dục an toàn, lành mạnh, thân thiện.  
Phát biểu kết luận cuộc họp tư vấn thẩm định, Chủ tịch Hội đồng tư vấn thẩm định đề nghị cơ quan chủ trì soạn thảo nghiên cứu kỹ ý kiến của Hội đồng tư vấn thẩm định về từng vấn đề để tiếp tục chỉnh lý hoàn thiện dự thảo Nghị định, nhằm nâng cao chất lượng của dự thảo văn bản trước khi trình Chính phủ../.